Comment hacker votre propre génome?

L’Habeas Corpus est une loi britannique du XVIIe siècle qui affirme qu’il est interdit pour un État de posséder sans jugement le corps d’un sujet, par exemple pour l’emprisonner. L’histoire de ce concept date de l’antiquité(*), mais ce concept mériterait d’être remis au goût du jour en raison des progrès de la génétique. Au début de 23andme, société de décodage génétique fondée par la conjointe d’un des fondateurs de Google, j’ai été dans les premiers à utiliser leur service pour décoder mon génome, il y a dix ans, plus par curiosité scientifique que par utilité. En 2010, le régulateur américain (FDA) interdit à la société de continuer à dévoiler les maladies et autres informations à ses clients, sans doute sous l’influence de lobby médical. Mais il est toujours possible de jeter un oeil dans son génome, si on croit à la primauté de l’Habeas Corpus.

Que peut-on savoir ?

Cette question ressemble à un sujet de philosophie. Après avoir craché dans un petit flacon qui partira en Californie par DHL, quelques jours plus tard vous pouvez télécharger un gros fichier qui contient dans une colonne des marqueurs (généralement commençant par les lettres ‘rs’) et un couple de bases constitué des quatre lettres A,T,G,C pour Adénine, Thymine, Guanidine, Cytosine. La double hélice de notre programme interne fonctionne avec ces quatre lettres, comme les ordinateurs fonctionnent avec de 0 et des 1.

Les bases se connectent entre elles A avec T, G avec C.

Le grand succès de 23andme est dû à deux innovations majeures

  • La PCR: Le décodage du premier génome humain a pris 13 ans et coûté 100 millions de dollars. Aujourd’hui, il coûte moins de 1000 $ et prend deux heures
  • L’intelligence artificielle: Les réseaux de neurones profonds permette de trouver des corrélations entre des marqueurs génétiques et des pathologies

Coût du décodage d’un genome

Si on examine le fichier obtenu, nous y découvrirons des choses amusantes sur sa famille, ses prédispositions, mais aussi, et cela est bien plus sulfureux, sur ses risques.

Quelques exemples dans mon propre cas:

  • Mon marqueur rs17822931 comporte le code CC. Si nous regardons ce marqueur dans SNPEDIA nous voyons que ma cire d’oreille n’est pas dure et que j’ai une odeur normale. Cela est anodin, mais allons plus loin.
  • rs1815739 porte TT: je ne suis pas un sprinter, mais plutôt meilleur en endurance
  • rs601338 porte AA: je suis résistant au norovirus qui provoque la gastroentérite, ce qui facilite beaucoup mes voyages en Inde
  • J’ai 2,4% d’ADN néanderthalien, je suis d’origine celte (et même plus précisément Celte de La Tène)

Bien évidemment, ces informations, ainsi que l’existence de mes cousins norvégiens et canadiens, n’inquiète pas la FDA. Les choses sont différentes lorsque j’examine d’autres marqueurs, comme ceux de la maladie de Parkinson, de Creutzfeldt-Jacob ou d’Alzheimer. Car il en va de même. Par exemple pour Alzheimer, une visite sur rs7412 et rs429358 et en consultant quelques publications [1][2] il est possible de savoir la variante du gène APOE qui en version ε4 accroit le risque (dans mon cas ε3, donc avec un risque moindre).

Pourquoi ces informations sont sulfureuses?

Il faut comprendre que l’on vit chaque jour dans l’incertitude, la vie étant une maladie mortelle à 100% (et qui plus est sexuellement transmissible). Dans le domaine du risque, il est d’usage d’évaluer les probabilités de dommage et de les multiplier par la valeur de la perte (qui peut être jugée élevée quand il s’agit de sa vie). Toutefois, si une prédisposition génétique vous expose à des problèmes pulmonaires, vous ne mourrez pas forcément de ça si vous ne fumez pas. Pour Alzheimer par exemple, il a été évalué que la partie du risque venant de la génétique est de 60 à 80% (ce qui est quand même élevé). Mais on sait aussi que les cerveaux bien câblés et entrainés résistent mieux, que les facteurs de tension, de glycémie… participent au calcul du risque. La prédisposition génétique est donc une information qui lève partiellement l’incertitude, mais n’établit aucune relation de cause à effet. Toutefois,  il y a deux professions que cela pourrait fortement et malsainement intéresser: les banquiers et les assurances, même si à l’extrême, connaître précisément le risque reviendrait à leur faire perdre leur travail.

Pour un Habes Corpus?

Habeas est un subjectif. Faut-il passer à un « Habes Corpus », un « tu as ton corps »? Les institutions, notamment médicales, ont un côté paternaliste et une fâcheuse tendance à considérer les personnes comme des idiots, qui va même se retrouver dans l’usage du terme ‘patient’ et d’usager’ en lieu et place du terme ‘client’. La tendance est pourtant à interdire aux gens de regarder leur propre corps, leur ADN. Il est aujourd’hui bien difficile d’obtenir un décodage complet, même pour expérimenter les IA sur son propre génome. C’est un peu comme si un État vous interdisait de photoshoper votre photo d’identité pour la mettre sur Instagram. Or, en Asie, en Chine notamment, tout est possible. Il s’agit bien là de l’opposition fondamentale entre une pensée occidentale qui ne s’intéresse qu’à distinguer le bien du mal et une pensée asiatique et indienne qui ne s’intéresse qu’à distinguer le vrai du faux. Le gagnant de cette opposition, qui sera aussi l’ami des IA, fera sans doute le XXIe siècle.

 

[1] Kim J et al. (2009) . “The role of apolipoprotein E in Alzheimer’s disease.” Neuron 63(3):287-303.
[2] Avramopoulos D (2009) . “Genetics of Alzheimer’s disease: recent advances.” Genome Med 1(3):34.
(*)la ‘provocatio’ romaine

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